En el año 2000 un grupo de antiguos colegiales pusieron en marcha una idea muchas veces comentada entre ellos: la creación de la Asociación de Antiguos Colegiales del Colegio Mayor Ayete.

La Asociación está registrada como tal en el Registro de Asociaciones, y se rige por una Asamblea General de Socios que se reúne al menos una vez al año en asamblea ordinaria. En esta asamblea, que se celebra a principios de año, se aprueban las cuentas del ejercicio anterior, se presenta y aprueba el presupuesto del año que comienza y se deciden las acciones a llevar a cabo durante el ejercicio. El día a día de la Asociación lo gestiona la Junta Directiva, elegida por la Asamblea.