Los órganos de gobierno del Colegio Mayor son: el Patronato de Gobierno, la Comisión Directiva y el Consejo Colegial. Se busca dar a los colegiales la oportunidad de que descubran y desarrollen sus posibilidades como personas. Promueven el compromiso con la actividad del Mayor, velando por el mantenimiento de una activa participación de los colegiales en todas las tareas formativas del Colegio Mayor.

El Consejo Colegial es el órgano superior de participación de los colegiales becarios en la consecución de los fines del Colegio Mayor. De entre ellos se elige un un Decanato y unas Comisiones, a los que corresponde, de manera primordial, velar por el mantenimiento de una activa participación de los colegiales en todas las tareas formativas del Colegio Mayor.